El territorio donde se encuentra esta población fue básicamente la parte cercana a la costa de un lago. De esto dan evidencia los humedales que cubren algunos sectores no urbanizados de la sabana y en la localidad de Suba, en Bogotá D.C.
El lugar en donde está ubicada la población, la placa tectónica de Suramérica, presenta riesgos de actividad sísmica.
Cota está rodeada por diversas montañas y cerros, éstos tienen menor altura que los cerros que rodean la capital del país. El cerro más alto, el de Majuy, es en su mayor parte un resguardo indígena, donde los nativos pobladores de la región viven sin intervención del gobierno.
El territorio pertenece a la cuenca mayor del Río Bogotá y la subcuenca sector Tibitó-Salto del Tequendama. El río Chicú atraviesa el territorio transversalmente y al municipio en dirección noroccidente-suroccidente. El 59% del municipio pertenece a la cuenca Tibitó-Salto del Tequendama y el otro 49% a la subcuenca del Río Chicú.
